Die Querflöte ist schon seit dem Mittelalter bekannt. Sie wurde aus der Schwegelpfeife entwickelt, und wurde in der Barockmusik, sowie in der darauffolgenden klassischen Musik, anstelle der Blockflöte eingesetzt. Ursprünglich war die Querflöte ein Holzblasinstrument und wurde noch lange Zeit aus Holz gebaut.

Gegen Ende des 17. Jahrhunderts, um 1870 wurde die erste Gold-Querflöte von Louis Lot hergestellt. Heutzutage werden Querflöten aus fast allen Edelmetallen wie Gold, Weißgold, Silber und Titan, aber auch aus Edelstahl, Nickel, Carbon, Messing, sowie in den verschiensten Legierungen mit Kupfer und Zink gearbeitet. Aber auch edler Hölzer wie zum Beipiel das Grenadill aus Afrika, Cocobolo und Holz der Kokospalme werden wieder verwendet.

Es gibt sehr vielfältige und unterschiedliche Querflöten. Gemeinsam ist ihnen, dass sie seitlich über ein Anblasloch des Flötenrohres gespielt werden, und dass sie über ein Klappensystem verfügen. Die Mundlochplatte für das Anblasloch ist gewölbt. Die Verarbeitung von Mundlochplatte, Anblasloch und Kopfstück, ist sehr bestimmend für die Spielbarkeit, den Klang und das Volumen der Flöte.

Bis heute werden die vielfältigsten Querflöten aus den unterschiedlichlichsten Materialien weiterentwickelt und es wird viel mit dem möglichen Klang experimentiert. So wurde auch eine Flöte aus Kohlefasern gebaut, die aber aufgrund der stark veränderten Klangeigenschaften umstritten ist.

Die Querflöte war ein wichtiges Orchesterinstrument. Auch als Soloinstrument wurde sie viel in der barocken und klassischen Musik eingesetzt. In der heutigen Zeit findet sie nach wie vor in Sinfonieorchestern ihren Einsatz. Aber auch die Jazz und Rockmusik haben das Instrument für sich entdeckt. Berühmteste Vertreter der Querflöte in der Rockmusik sind wahrscheinlich die Musiker der Rockgruppe Jethro Tull, die in den 70er und 80er Jahren des letzten Jahrhunderts sehr bekannt geworden waren.